Fakultas Perikanan Universitas Lambung Mangkurat yang berdiri sejak tahun 1964 pada awalnya terdiri atas Departemen Hidrobiologi dan Departemen Tata Produksi. Pada tahun 1979 dengan Surat Keputusan Dekan Fakultas Perikanan UNLAM No. 706/PT.10.9/C 1979 tanggal 1 Agustus 1979 istilah departemen tidak digunakan lagi dan Fakultas Perikanan Unlam terdiri atas:
- Jurusan Manajemen Perairan dan Kultur
- Jurusan Biologi Perikanan
- Jurusan Teknologi Perikanan dengan Bidang Studi Teknologi Penangkapan Ikan dan Bidang Studi Pengolahan Hasil Perikanan
Pada tahun 1983 menurut Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0566/O/1983 tanggal 8 Desember 1983, Fakultas Perikanan terdiri atas tiga jurusan, yaitu: Jurusan Budi Daya Perairan, Jurusan Pengolahan Hasil Perikanan dan Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan. Dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 104/DIKTI/Kep/1984 tanggal 21 Agustus 1984 ditetapkan bahwa jurusan-jurusan tersebut memiliki jenis program studi masing-masing. Jurusan Budidaya Perairan dengan Program Studi (PS) Budidaya Perairan, Jurusan Pengolahan Hasil Perikanan dengan PS Pengolahan Hasil Perikanan dan Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan dengan PS Manajemen Sumberdaya Perairan.
Keberadaan program-program studi di Fakultas Perikanan UNLAM terus berkembang. Surat Dekan Fakultas Perikanan UNLAM No. 2079/PT.10.H4.FPi/C/1995 tentang informasi program studi – yang menanggapi Surat Rektor Unlam No. 337B/PT.10.H.2/Q/1991 tanggal 5 Desember 1995 tentang Buram Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Tinggi, telah diinformasikan dan dimohon agar Surat Keputusan tentang Jenis dan Jumlah Jurusan/Bagian dan Program Studi untuk Program Sarjana pada Fakultas di lingkungan Universitas Lambung Mangkurat (Khususnya di Fakultas Perikanan) yang akan diterbitkan mencantumlan Jurusan dan Program Studi berikut:
- Jurusan Budidaya Perairan dengan Program Studi Budidaya Perairan
- Jurusan Pengolahan Hasil Perikanan dengan Program Studi Teknologi Hasil Perikanan dan
- Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan dengan Program-Program Studi: Manajemen Sumberdaya Perairan, Pemanfaatan Sumberdaya Perairan dan Sosial Ekonomi Perikanan.
Keberadaan jenis program-program studi di atas telah diperkuat dengan keputusan Rektor Universitas Lambung Mankurat No. Kep. 996/PT.10.H.5/C/1994 tanggal 24 Mei 1994 tentang Pengangkatan Ketua Program Studi Fakultas Perikanan Universitas Lambung Mangkurat. Selanjutnya Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi mengeluarkan Surat Keputusan No. 228/DIKTI/Kep/96 tanggal 11 Juli 1996 tentang Program Studi pada Program Sarjana di Lingkungan Universitas Lambung Mangkurat yang memutuskan Program Studi di Fakultas Perikanan UNLAM, yaitu: (1) Program Studi Teknologi Hasil Perikanan; (2) Program Studi Budidaya Perairan; (3) Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dan sesuai dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 442/Dikti/Kep/ 1999 tanggal 18 Mei 1999, yaitu: (4) Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan dan (5) Program Studi Agrobisnis Perikanan. Pada Tahun 2007 melalui SK Dirjen Dikti No 4005/D/T/2007 Universitas Lambung Mangkurat mendirikan Program Studi Ilmu Kelautan yang diintegrasikan dengan Fakultas Perikanan. Selanjutnya melalui Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 20 tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Lambung Mangkurat, di mana pada pasal 48 menyatakan bahwa nomenklatur Fakultas Perikanan UNLAM dirubah menjadi Fakultas Perikanan dan Kelautan UNLAM dan disingkat dengan FPK UNLAM.